關於「hisat2分析」標籤，搜尋引擎有相關的訊息討論：

转录组分析| 使用Hisat2进行序列比对 - 腾讯云。

2020年9月22日 · 总共8个ht2格式文件，一个sh格式文件。

二.hisat2介绍. Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。

它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种 ...： 。

HISAT2 graph-based alignment of next generation sequencing ...。

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes as well as ...： 分析? 。

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 - 博客园。

2018年11月9日 · 转录组分析Hisat2+StringTie+Ballgown使用(2016-10-10 08:14:45) 转载▽ 转录组 ... hisat2 -p 8 --dta -x genome -1 file1_1.fastq.gz -2 ...： 。

Single-cell transcriptome profiling of the vaginal wall in women。

2021年1月4日 · Genomic alignment was performed using HISAT2 (version 2.0.5) aligner to human reference genome (GRCm37/hg19; ... Clark, G. L. et al.。

一步一步教你做转录组分析（HISAT, StringTie and Ballgown）。

2018年7月15日 · 该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, ...： 。

Graph-Based Genome Alignment and Genotyping with HISAT2 and ...。

2020年11月2日 · HISAT-genotype uses HISAT2 as an alignment engine along with additional algorithms to perform HLA-typing and DNA fingerprinting analysis. Graph ...： 分析? 。

转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown) - CSDN博客。

2017年9月30日 · 替换镜像源，提高下载速度为了提高下载速度，我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。

方法参考自中国科学技术大学开源镜像站备份cd /etc/apt/ ...： 。

[转录组] HISAT2+Stringtie+DESeq2 = 转录本组装+差异分析 - 知乎专栏。

前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合，感觉还是蛮好用的，deseq2的功能颇多，hisat2+stringtie的处理速度又快，是我现在最喜欢用的RNA-seq处理 ...： 。

HISAT2-StringTie-Ballgown有参转录组数据分析_ygyxl的博客。

参考文献：Pertea M, Kim D,Pertea G M, et al. Transcript-level expression analysis of RNA-seq experimentswith HISAT, StringTie and Ballgown.[J].：